O Instituto Filhos da Misericórdia tem por Fundador o Irmão João Mariano do Coração Misericordioso de Jesus, que atendeu ao apelo do Espírito Santo e iniciou esta Obra de Deus na Igreja. A história da Vocação, já escrita desde toda a eternidade no Coração de Deus, começou a ser descoberta ainda quando nosso Fundador estava participando da Comunidade Recado. Ele não entendia direito na época, mas sabia que havia, em seu interior, uma grande inquietação que lhe apontava não ter ainda chegado ao seu verdadeiro lugar na Igreja, mas que era preciso esperar, em oração, o momento certo. Sempre se sentiu atraído e conduzido pela mensagem da Misericórdia Divina, até descobrir, depois de muito rezar e buscar orientação espiritual para um autêntico discernimento, que o que estava em seu coração era o chamado para fundar um Carisma novo na Igreja, pela graça e inspiração do Espírito Santo. Tendo descoberto a sua Missão de Fundador de um Carisma que envolvia a Misericórdia, entendeu que o tempo em que passou na Comunidade Recado foi extremamente importante e fecundo, pois é do Coração de Jesus que jorra essa Misericórdia.
Um dos momentos marcantes da história vocacional dos Filhos e Filhas da Misericórdia foi o próprio dia da Fundação, em 26 de julho de 2007, em que o Fundador ministrou uma formação para alguns membros do início intitulada “Somos Faxineiros de Almas”. Nessa formação, o Fundador e aquele primeiro grupo com ele presente mergulhavam na profundidade da finalidade missionária do Carisma Filhos da Misericórdia na Igreja: promover o encontro do coração ferido do ser humano com o Coração Misericordioso de Deus, por meio do olhar, dos sentimentos e das ações de Misericórdia.
Os anos de 2008 e 2009 foram um período-marco para a Vocação dos Filhos da Misericórdia, quando houve a aquisição do terreno e a construção do primeiro convento religioso, a Casa Doce Mãe da Misericórdia, atual sede do Instituto. O desígnio de Deus foi se tornando ainda mais concreto com a construção dessa Casa, onde tantas pessoas viriam a experimentar e experimentam até hoje da Misericórdia de Deus. As dificuldades encontradas pelo Fundador e os primeiros membros apenas apontaram que a obra era realmente de Deus, pois foi um tempo de muitas lutas e desafios, porém bastante agraciado pela Providência Divina.
A partir de 2011, o Fundador percebeu que a Vocação Filhos da Misericórdia começou a atrair também membros leigos com o desejo de viver o Carisma.